为了利用有限的空间全面展示广州的河涌文化，东濠涌博物馆充分采用现代声光电技术，复原和展示了河涌沿岸商贸人文盛况，再现了宋代六脉渠地图和东濠涌沿岸历史风情和民俗文化，给人留下深刻印象。
博物馆两层建筑共设五个展厅。一号展厅东濠溯源展示了纵横交错的河涌是如何滋养广州城，进而影响广州两千多年来的发展；二号展厅东濠商贸展开了东濠一河两岸商贸民俗的画卷，让人们细细回味曾经的繁华与浪漫；三号展厅东濠蕴梦再现了疍家姑娘哼着咸水歌沿涌荡舟卖水果的美丽瞬间；四号展厅东濠哭泣展示了被污染后的河涌污泥黑臭、垃圾满涌的情景；五号展馆东濠新篇展示了东濠涌治水的成果，美丽重现令人精神一振。